O efeito de uma descarga sobre um barco pode ser bem diferente da que ocorre em um objeto no solo. O mastro do barco é um ponto bem mais alto que sua vizinhança e, portanto, suscetível de ser atingido por um raio. Se uma descarga atinge o mastro, ela pode provocar aberturas no barco que podem o fazer afundar ou mesmo causar um incêndio.

Para evitar ou ao menos diminuir a probabilidade que tal acidente ocorra, pode-se usar o mastro, caso seja metálico, como um para-raios, conectando-o a água por um cabo condutor isolado da estrutura do barco. A altura do mastro deve ter ao menos um quarto do comprimento do barco. O cabo deve, se possível, seguir um caminho reto em direção a uma placa metálica em contato direto com a água. Objetos metálicos grandes, se existirem, devem ser conectados ao cabo para evitar descargas laterais. Se o mastro não for metálico, isto é, for de madeira ou fibra, um fio de cobre de razoável espessura deve ser colocado ao longo de seu comprimento e ligado a um cabo conectado à água.

Mesmo tomando todos os cuidados, se estiver em um barco durante uma tempestade, procure ficar dentro da cabine (quando houver). Felizmente, os barcos são bem menos atingidos por raios do que os aviões, visto que raios ocorrem com menor frequência nos oceanos, principalmente em alto mar.